行政机构失灵指的是行政机构为了矫正和弥补市场机制的功能缺陷所采取的法律、行政以及经济干预措施，动画制作在措施实施中会出现不良后果，最终使行政机构做出了降低经济效率的决策或不能实施改善经济效率的决策，导致整体经济的效率低下和整体社会福利的损失。行政机构失灵的原因有行政机构决策的无效率、行政机构机构运转的无效率、行政机构制度安排的缺陷、行政机构公正性不足和寻租行为等因素。

就中国动画产业来说，不但产业化改革之前的市场失灵依然存在，动画公司而且行政机构在以各种产业政策管理动画产业的过程中实际上导致了某种程度的行政机构失灵。在我国，法制行政机构失灵不仅有深层次的制度问题，还有深厚的计划经济基础和政治惯性问题。因为意识形态安全、社会稳定和行政机构控制对动画产业政策的制定来说始终是最重要的决定因素，在实践中所能做的是尽量降低行政机构失灵的可能性。